·         En el biofiltro (vaso de depuración) se desarrolla fitoplancton y zooplancton, encargándose de digerir las hojas, polen, escamas de piel y materia orgánica en general transformándola en nutrientes (N-P-K) para las plantas.

El oxígeno necesario para la oxidación de la materia orgánica por los microorganismos es suministrado principalmente por las propias plantas, que lo producen por fotosíntesis o lo toman del aire e inyectan hasta la zona radicular. La transferencia de oxígeno también favorece el crecimiento de bacterias nitrificantes

·         Los principales mecanismos que ocurren en el vaso de depuración son los siguientes:

Eliminación de materia orgánica: realizada por los microorganismos que viven adheridos al sistema radicular de las plantas.
Eliminación de nitrógeno: absorción directa por las plantas y, en menor medida, por fenómenos de nitrificación-desnitrificación y amonificación, realizados por bacterias.
Eliminación de fósforo: absorción por las plantas, adsorción sobre las partículas de arcilla y precipitación de fosfatos insolubles.
Eliminación de microorganismos patógenos: por filtración y adsorción en partículas de arcilla, acción predatoria de otros organismos (bacteriófagos y protozoos), toxicidad por antibióticos producidos por las raíces y por la radicación UV contenida en las radiaciones solares.

El sistema es aeróbico y por tanto sin riesgos sanitariospara los usuarios, tiene la ventaja de ser natural, integrado en el paisaje, elimina la materia orgánica, los elementos eutrofizantes y los microorganismos patógenos que no podrán desarrollarse debido a la falta de nutrientes del agua.