Nociones básicas.
Al tratarse de un agua natural, sin productos químicos no podemos evitar la existencia de algas (biofilm), plantas pioneras que aparecerán tras el llenado inmediato del vaso, con lo que el agua se enturbia en un grado que dependerá del volumen de agua, parámetros de esta (de ahí que se requiera un análisis químico de calidad del agua previo al llenado con las características organolépticas, físico-químicas y microbiológicas), la carga de nutrientes, o la climatología. El biofiltro empezará a realizar su función extrayendo los nutrientes y eliminando paulatinamente a las algas ya que estas no podrán reproducirse por falta de nutrientes.
El mantenimiento es casi nulo en invierno, menos intenso en primavera y otoño y más frecuente en verano, una vez por semana como promedio. Se debe usar el limpiafondos y limitar la entrada de materia orgánica para un funcionamiento eficaz del biofiltro.
Los procesos de mantenimiento se concentran en la época de final de otoño al tener que retirar los excesos de hojas y humus, de este modo permanecerán activos los procesos de degradación que continúan realizándose en invierno pero no recibirán aportes en forma de materia orgánica. En el mantenimiento de primavera se tendrán que retirar los excesos de depósitos creados durante la temporada invernal. El agua sucia aspirada durante los procesos de mantenimiento principal no debería volver a introducirse en la zona de baño. También es conveniente limpiar las paredes para eliminar excesos de biofilm que se pueda haber acumulado.
Gracias a la limpieza temprana y a la extracción de humus así como a la puesta en marcha del sistema de filtrado en primavera podrán evitarse las máximas concentraciones de sustancias nutritivas del año y se activará a tiempo la microbiología. El mantenimiento y la limpieza son las herramientas del sistema para impedir la eutrofización del mismo
Como promedio se precisan aproximadamente 2 horas semanales de mantenimiento para un lago mediano (100 m²).
Las plantas acuáticas no requieren demasiado mantenimiento, se han de podar para facilitar el rebrote. No teniendo que abonar para su correcto desarrollo.
En ningún caso se deben añadir productos químicos ya que alterarían el equilibrio biológico del sistema, reduciendo su capacidad depuradora.
El biofiltro debe ser repuesto o cambiado cada cierto tiempo, mediante la extracción de las gravas y su limpieza o la sustitución de algunas de ellas. Este periodo puede llegar a ser superior de diez a veinte años de funcionamiento, según las caracteristicas del sistema.